巫师的大陆分为南北两方，南方统一， 国名是N什么的，由皇帝统治，强大并一直觊觎北方；北方分裂为四国，互相之间争战不断，争夺的焦点是Pontar 河谷，因为该地物产丰富，得此地者得天下。独立于各国势力是法师，法师游说列国，蛊惑君主。（实际上，基本就是中国战国时的情形，秦国在西方独大，六国争战，说客连横和纵诸国）社会结构上，精灵虽然在上古时代曾经繁盛，但故事发生时已经衰落，被人类歧视奴役。精灵成立了恐怖组织松鼠党，对抗人类势力。
在本作之前的时代，法师公会遭到各国讨伐，被解散，怀恨在心的某些法师秘密成立了The Lodge，密谋重振法师势力，这些法师里包括Sile和主角的马子Triss。
法师Lodge 挑中北方四国中最弱最混乱的 A 国（这个弱国统治着Pontar 河谷)，意图颠覆国王，取而代之；然后以Pontar河谷为根据地，统一北方。Lodge 派出Sile 和 Phillipa 两位法师去A 国。Phillipa 则在民间挑动人民**，她扶植了一位圣女贞德式的领导者Saskia。Sile 负责物色刺王杀手，她遇到了从南方蛇之学派出身，以Letho 为首的四个巫师。Letho 也有轼王之心，所以两人一拍即合，刺杀了A 国君主。
但是其实Letho 另有打算。他来自南方的N 帝国，那里巫师学院被解体，巫师被驱逐；皇帝答应他如果刺杀了北方诸王，就恢复巫师学院的地位。Letho 假意在Sile 手下行动，实际上是嫁祸于法师Lodge。
刺杀了A 国王以后，Sile 让 Letho 投奔松鼠党，方便藏身（刺杀人类国王符合精灵松鼠党的利益）；没想到 Letho 另有打算，直接去刺杀了 T国的国王Fotelst. 正巧此时主角在Fotelst 身边，不幸成了替罪羊，所以才有本次的故事。
除了刺杀，N 国还派了大使，周游列国，巧舌离间；同时，在Phillipa 的身边安插了间谍——她的助手/情人是为N 国效力的。
另一方面，Pontar 河谷的入口是Vergen 城，在这里，A 国和 K 国曾经反复争夺。三年前，K 国国王Henselt 亲征，几乎要拿下Vergen，但他身边的法师顾问其实是Lodge 的人。如果K 国拿下Pontar 河谷，就不利于法师扶植A 国势力一统天下，所以在Henselt 的军队即将胜利的时候，法师释放了火雨，把A 国和K 国的军队一切烧死在战场上。因为这种死亡太过惨烈，所以战场受到了诅咒，亡灵永恒的战斗，直到主角解除诅咒。Henselt 愤怒于法师，将她烧死。三年之后，再次出兵Vergen城，这次他面对的是 Saskia 和她的“顾问”Phillipa。
这时候，Sile 借口帮助Henselt 治疗不孕不育症，接近了Henselt （目的大概是和战场另一边的Phillipa 配合，再次让Henselt 失败）。她来到Pontar 河镇Flotsam，猎杀怪物Kanyan来获得治病的药，同时追踪松鼠党和Letho。没想到主角为了洗脱罪名，也追踪至此。两人合作杀了怪物后，Letho 绑架了Triss 传送逃去了Vergen。主角和Sile 又继续追踪到Vergen 的战场上，阻止了Letho的手下刺杀Henselt 。
最终，北方各国商议在精灵遗址Loc Muinne 召开大会，订立盟约，解决国王们被刺后群龙无首的局面。主角在大会上揭露了法师Lodge 的阴谋，败露的Sile 和 Phillipa 召唤了巨龙，被主角打败。
在北方诸国四分五裂之时，N 帝国派出了大军，意图一统天下。无论是Letho，法师Lodge， 松鼠党，北方诸国国王，其实都是N 帝国大棋里的棋子。只有主角，在错误的时候出现在错误的地方，不幸被卷入其中，其实他本想远离政治的。
