自然界中真菌的种类有12万余种，由于真菌的细胞有细胞壁，所以在过去很长的一段时间里，人们把真菌列入植物界，至今有的生物学教材为了教学的方便还沿用着。在生活中，人们也习惯于把磨菇、灵芝、木耳、银耳、猴头、冬虫夏草等真菌当成植物性蔬菜、草药；随着人类对这类生物的认识不断深入，主张把它们从植物界中分离出来，独立成为真菌界。那么，真菌与植物究竟有什么不同呢？主要表现在以下几个方面： 1．营养方式的不同 植物能进行光合作用，制造有机物，属于光合自养型。而真菌是靠分解吸收外界的有机物生活，属于异养型。 2．细胞结构和化学成分的不同 2.1 植物细胞壁的主要成分是纤维素：大多数真菌的细胞壁的主要成分是几丁质，只有少数低等真菌（如产生具鞭毛的游动孢子的卵菌）的细胞壁的主要成分才是纤维素。 2.2 植物细胞多能进行光合作用；真菌细胞不含叶绿体，也没有光合色素，因此不能够进行光合作用。 2.3 植物细胞中的线粒体呈粒状、线状、棒状等规则的形状；真菌细胞中的线粒体形状不规则。 2.4 植物细胞中的核糖体有些附着在内质网上，有些游离在细胞质基质中；真菌细胞中的核糖体不规则地分散在细胞质中。 2.5 植物细胞的内质网向外与细胞膜相连，向内与核膜相连；真菌细胞中的内质网大多只与核膜相连，很少与细胞膜相连。 2.6 真菌的菌丝细胞中含有一种由原生质膜折叠盘绕形成的特殊囊状结构，即须边体，或质膜外泡；植物细胞中未发现这种结构。 3．组织分化程度的不同 大多数植物都有明显的根、茎、叶等器官的分化；多数真菌（酵母菌等除外）可以形成发达的子实体，但是组织分化十分有限，没有根、茎、叶等器官的分化。 4．遗传性特征不同 近年来的研究发现，真菌除了细胞核和线粒体中含有DNA外、质体（如白色体）中也含有DNA。另外，根据分子生物学测定，真菌的细胞色素的结构与植物和动物的相比，其差异大于植物和动物之间的差异。这表明，植物与动物的亲缘关系似乎比真菌要近一些。 总之，真菌与植物有很大的差别，因此，应该从植物界中独立出来。
