罗网，中国3D武侠动画《秦时明月》的原创组织，是秦朝管辖的刺客团，组织以蜘蛛为标志，罗网只有目的，没有朋友。只有任务，不论交情。杀手从高至下，依次为天、杀、地、绝、魑、魅、魍、魉。比如最神秘的杀手莫过于天字级掩日，掩日隶属越王八剑，位列天级一等，杀气和剑法均不亚于田言。本名不详，身份代价昂贵，隐蔽性极强。
罗网在七国之内，编织着一张无形的巨网，大量吸收亡命死囚，流浪剑客，加以残酷血腥的训练。将他们培养成致命的一根根毒刺，如同一只只潜伏在大秦帝国阴影中的蜘蛛，时刻守候着落入网中的猎物。然而，罗网似乎对秦朝也抱着自己不为人知的目的……
火箭队火箭队，在动漫中是一个邪恶的组织，只有一个老板统治着。他将组织分为几个小队，以颜色命名，我们最常看见的是白色小队。没人知道火箭队究竟是要做什么？他的目的是什么？
虽然火箭队的战斗力不强，但其经济实力十分雄厚。想想白色火箭队没有完成任务还能活这么久，说明这个组织十分有钱，加入这个组合不用担心被饿死。
毁灭世界的力量——王下七武海王下七武海是《海贼王》中，世界政府公认的七位大海贼，每个成员都拥有破坏性极强的力量和战斗实力。只有知名度很高，或者战斗力很强的海贼才能成为其中的一员。这个组织的成员一正一邪，谁也不知道他们下一秒会做出怎样的选择，十分难对付。
黑衣组织《名侦探柯南》是根据日本漫画家青山刚昌创作的侦探漫画《名侦探柯南》改编的同名推理动画作品系列。被江户川柯南称为“乌鸦军团”，是日本动漫《名侦探柯南》中的一个笼罩在神秘色彩中的跨国犯罪组织。主人公工藤新一就是因为被该组织成员琴酒灌下药物APTX4869而导致身体缩小。这个组织的真实名称一直是一个谜，在片中往往以“黑衣（黑暗）组织”、“组织”代称，组织的组成结构和目的也不明显。但可以肯定的是黑衣组织是一个在全球都有分支部的大型犯罪组织，势力遍布日本和西方国家，并且有雄厚的遍布全球的产业。
晓组织《火影忍者》改编自日本漫画家岸本齐史的同名漫画，说到组织，晓必然是第一个被提起的，非常酷炫的一个组织，不仅有组织成员专属队服——绣着红云的黑色风衣，头戴系着风铃的斗笠，而且每个人都佩戴者标有自己带好的戒指，指甲还要涂指甲油。非常有组织性与荣誉感的团体，每个人都有自己独特的技能与艺术品味，平常两人一组行动，虽性格不同但相处融洽，可谓美滋滋。
黄金圣斗士圣斗士出现在《圣斗士星矢》中的圣斗士组织，信念就是为了守护雅典娜而与邪恶势力进行战斗的故事，成员来自世界各地，每个人的黄金圣衣都在天上与之对应这一个星座，力量并不完全取决于圣衣，也来自自己的小宇宙，圣斗士一共分为三个等级，青铜，白银，黄金圣斗士，从开始就是为了守护雅典娜而存在的一个组织，与之对应的有冥斗士，海斗士以及冰战士。
好了，以上就是我认为“动漫中神秘的
